Die AHK Kroatien wurde als offizielle Vertretung der deutschen Wirtschaft, als Mitgliederorganisation und als Dienstleister für Unternehmen feierlich am 30. Oktober 2003 in Anwesenheit des damaligen Bundeskanzlers Gerhard Schröder und des kroatischen Ministerpräsidenten Ivica Račan gegründet. Sie ging aus der im Jahr 2000 eröffneten Delegation der Deutschen Wirtschaft in Kroatien und der später gebildeten Deutschen Kaufmannschaft in Kroatien hervor.